手持式噴碼機在日常使用時要正確使用，比如說開啟關閉機器時，都要養成良好的習慣。正確開啟噴碼機才能保證噴碼機的使用效率和效果，這也屬于日常維護的一部分。在關閉噴碼機的時候，不可以直接拔電源，就如電腦一樣，直接拔電源會損害機器。不要清洗噴嘴，噴嘴處的油墨會保護噴嘴及噴腔，防止噴嘴孔內的油墨干燥結塊。關機后，要對回收槽注入少許添加劑以保證回收管路和回收槽清潔。
手持式噴碼機的日常保養比較簡單，只要按照操作規范進行就可以了。一個清理一次手持噴碼機表面的粉塵和內部電路板上的粉塵，這樣可以防止電子器件散熱不良燒毀。一個清理一次氣泵上過濾器的粉塵并用清洗劑清洗噴頭內部和管路。噴碼機自帶清洗功能，所以只需要添加清洗劑就可以進行自動清潔了。噴頭如果超過三天不使用的話，就要用清洗劑進行清洗噴頭的內部，并回收和保存。此外，要定期檢查手持式噴碼機所有的電纜和供墨系統有無破損情況，如果出現破損情況，要及時更換，以免影響日常使用。