工作原理上，二氧化碳打標機以 CO?氣體為工作介質，在電高壓作用下，氣體放電產生波長 10.64μm 的激光，屬熱光源。通過熱效應使材料表面迅速氣化、燒蝕或發生物理化學變化來標記。而常見的光纖激光打標機等，如光纖激光打標機采用光纖激光器，輸出波長 1064nm 的連續可調激光（紅外光），部分靠材料對激光的吸收產生熱作用標記，小功率光纖激光能被小分子結構材料較好吸收 。
適用材料有明顯差異。二氧化碳打標機能量強，適用于大多數非金屬材料，像木材、皮革、布料、紙張、亞克力、陶瓷、石材、塑料等。比如在家具生產中，可在木質表面清晰標記品牌 logo 。而其他激光打標機各有側重，光纖激光打標機主要用于金屬材料和部分非金屬材料，如普通金屬及合金、稀有金屬及合金、金屬氧化物、特殊表面處理材料等。在電子設備的金屬外殼上標記型號，光纖激光打標機就很合適。
打標精度和效果不同。二氧化碳打標機光斑相對大，適合一般精度要求和較深打標，能進行深度雕刻，在建筑陶瓷上雕刻復雜圖案時可發揮優勢。但對于超精細圖案、文字，其精度不如某些激光打標機。例如紫外激光打標機，波長 355nm，波長短，能實現高精度微細加工，在電子元器件上標記很小的線路圖或編號，精度高 。
熱影響方面，二氧化碳打標機因熱效應，對材料熱影響大，不適合對熱敏感材料。像在塑料薄膜上打標，可能導致薄膜變形。而紫外激光打標機等屬于冷光源，熱影響小，適合熱敏感材料加工 。
在工業生產中，依據材料特性、打標精度和深度要求等，合理選擇二氧化碳打標機或其他激光打標機，才能更快、優先地完成標記任務。
