藥用玻璃材質瓶包裝跟藥用玻璃瓶有著密切的關系，藥用玻璃瓶的包裝形式一般有兩種，一種是用瓦楞紙箱盛裝的普通包裝，另一種是采用PVC或PE膜的熱縮包裝，另外還有少量的托盤包裝。玻璃瓶我國傳統的飲料包裝容器，玻璃也是一種很有歷史的包裝材料。在很多種包裝材料涌入市場的情況下，玻璃容器在飲料包裝中仍占有著重要位置，這和它具有其它包裝材料無法替代的包裝特性分不開。從對產品的保護程度及清潔度要求來看，熱縮包裝及托盤包裝的質量要遠遠優于普通的紙箱包裝?，F在發展成PE膜熱縮后放入紙箱，干凈衛生，可以做到無菌（fungus)包裝，這也是今后藥用玻璃瓶的發展方向。
藥用玻璃瓶的包裝前一般都有一個對產品全檢的過程，稱為核驗查收工序，這個工序又分為人工檢驗和自動檢驗兩種。目前國內藥用玻璃瓶大都采用人工檢驗的方法，在強光檢驗臺的照射下，對每個瓶子進行目測，剔除（reject）外觀缺陷的不合格品，人工檢驗由于受目測、經驗等各種條件的限制，漏檢率相對較高，勞動強度也很大，而自動檢驗，則可以對瓶子的尺寸、外觀、缺陷等進行檢驗，漏檢率比較低，也是提高藥用玻璃瓶質量水平的發展方向和有效途徑。
國內藥用玻璃瓶基本還是沿用人工目測裝箱及熱縮膜包裝形式，主要設備為打包機和紅外線熱縮機等，國外同類產品基本都采用在線自動檢測，自動包裝，除了大化減少了大量人力，降低勞動強度外，更重要的是自動檢測包裝生產（Produce）線可以有效地完成對不合格品的剔除（reject），保證了產品的穩定性和一致性，而且大大地提高了勞動生產率和產品的質量。
