無紙化的線上辦公極大減輕了監管執法人員的工作量，及時提升了監管工作的及時性、準確性和有效性。對商戶來說，錄入進貨準入信息和銷售開票信息，生成并打印購貨憑證，自動生成電子購銷臺賬；對消費者而言，能通過掃描銷售憑證進行食品溯源，為追溯食品安全提供了技術保障，也為打擊食品安全違法犯罪提供了維權證據，可謂是一舉多得。
食用農產品溯源系統為監管人員與商戶、消費者與食品搭建起安全可靠的橋梁，一方面，關注食品溯源，追根溯源使信息透明化，為食品安全保駕護航；另一方面，在日常監管基礎上，加強抽檢，提高食品安全監管水平和監督覆蓋率。
按照農產品種類劃分按照農產品的具體種類劃分，食用農產品溯源系統分為：肉制品（包括蛋、奶）可追溯系統、生鮮產品（水果蔬菜）可追溯系統、水產品可追溯系統和谷物糧食產品可追溯系統。
按照實施主體劃分根據實施農產品追溯系統的主體劃分，食用農產品溯源系統分為強制性追溯系統、自愿性追溯系統和氣“強制＋自愿性”追溯系統三類。強制性食用農產品溯源系統是政府制定相應的法律法規，強制要求企業的產品必須具備可溯源性，否則不允許上市銷售，并采取懲罰措施。強制性溯源系統把產品的追溯性上升到了法律法規的高度。
自愿性可食用農產品溯源管理軟件是企業考慮到品牌、聲譽和長遠利益，為了提高產品的檔次和贏得消費者信任，自愿建立實施的可追溯系統。在實踐中，自愿性食用農產品溯源管理軟件一般由行業協會或產品供應鏈上的主導優勢企業牽頭，以主導企業為核心，與供應鏈中的上下游企業協同合作，共同開發、建立并維持系統的運行。
食用農產品溯源管理軟件的建設需要全供應鏈上各個環節的參與，才能保證從“產地”至“餐桌”全程質量可追溯、可控制，這需要從多個層面來實施。
首先，從技術上，建立統一的、涵蓋全供應鏈的溯源平臺系統，對隸屬于各個部門的環節進行融合，解決實施過程中的技術難題，從技術上保證全供應鏈溯源體系的通暢。
其次，全面加強農業標準化，結合可追溯業務需求，制定科學的、適用的溯源體系標準，并加強農業標準的普及工作，從而吸引更多的企業、部門共同參與，打造全供應鏈的溯源體系。
最后，完善農產品質量安全溯源法律法規，建立農產品質量可追溯制度，從政策層面保障全供應鏈溯源體系的建立和實施。
確定農產品供應鏈全過程中的食用農產品溯源管理軟件建立各個環節信息定義、管理、傳遞和交換的方案，對供應鏈中原料、養殖、種植、加工、儲藏、運輸及銷售等各個環節的相關信息進行采集和記錄。供應鏈中所有的參與方需要就彼此之間交換信息的內容、表述和形式達成一致，而且不同參與方的標識必須一一對應，防止標識丟失。
建立有效的食用農產品溯源管理軟件通過供應鏈中所有的參與方在信息交換、管理等方面的合作，實現各個環節信息的共享和關聯。對于數據交換，為了確保信息流的連續性，每一個供應鏈的參與方必須將預定義的可追蹤數據傳遞給下一個參與方，使后者能夠對以前的環節進行信息追溯。同時，供應鏈中各參與方需要就有關數據保存期限達成一致，一般來說，數據文件的保存期限應當比產品的生命周期長；或者建設統一的數據中心，交由數據中心存儲所有的數據。
